突然すべての設定やFEPとかメールデータが失われるのはOS10.3以前ではたまにある事です。 >誰となく

それは何らかの理由でhomeディテクトリ直下に ライブラリ と Library の二つのフォルダができてしまった場合に現れる状態で、おそらくは起動時のチェックで元々あったライブラリディレクトリを見つけられない時にOSが新たにLibraryディレクトリを作る事でその状態になるのでしょう。
いまのところ自分は10.4以降での発生を聞いた事がないですが、ひょっとすると直っていないかもしれません。Finderの設定によってFinderウィンドウで表示されるフォルダ名がローカライズされないというバグは10.4で直っているのですが。

失われたように見えているデータは二つあるフォルダのうち参照されていないもう片方のほうに残っています。バックアップのうえファイルシンクロソフトで二つの内容を統合して、TCCでキャッシュを削除したあとで次回起動時に参照されているディレクトリにその内容を移してやれば、以前の環境を継承した上で最新の状態に整合したライブラリにできると思います。(念のためバックアップはした方がいいのですが。。)
予防策があるとしたらたぶんなにかおかしいなと思ったらキャッシュのクリアとプリバインディングの再構築を行なう事でしょうか。

以上雑記風味走り書きにて。未だフォトショ継続中。

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